Коли українські та білоруські землі ввійшли до складу Російської і Австрійської імперій (наприкінці XVIII ст.), З’єдиненій Київській Церкві заборонили мати представників при Апостольській столиці. У 1829 році, після смерті прокуратора ієромонаха Анатолія Вільчинського, російський царський уряд намагався привласнити церкву Святих Сергія і Вакха та прилеглі будівлі, мотивуючи це тим, що майно «належить Василіанському чинові, який опинився на російській території». Але Конгрегація пропаганди віри довела, що будинок і храм є власністю Апостольської столиці і призначила адміністраторами італійських священників, які здійснювали управління від 1830 до 1897 року.

   З огляду на неможливість відправляти до Рима прокураторів з Київської Митрополії та спроби Російського уряду націоналізувати храм свв. мучеників Сергія і Вакха разом з прилеглими будівлями, Конгрегація пропаганди віри довела, призначила адміністраторами церкви і дому італійських священників, які здійснювали управління від 1830 до 1897 року. Коли ж у 1847 році до Рима із монастиря в Білій Литовської провінції (монастир заснований 1690 року, перестав існувати 1864 року) прибули священники-василіани Михайло Домбровський (†1879) та Ніканор Краєвський, які втекли з російських тюрем, то в церкві не було жодного комплекту східних богослужбових риз. У 1828 році було 14 комплектів, проте в 1833 році тодішній адміністратор наказав їх або переробити на латинські ризи, або продати. Згодом прокуратор Львівської митрополії, о. д-р Василь Левицький, у 1896–1902 роках писав: « [прибувши до нашої церкви] ми, крім великого Служебника і малого дияконника й одного Апостола, буквально, нічого не посідали … буквально, я не застав нічого, бо перед перебудовою цього дому мешкав там латинський священник … так що з обряду нашого ані жодної книжки, ані будь-чого іншого там уже не зосталося. Тоді я звертався, куди міг, як за іншими літургічними речами, так і за книжками церковними й отримував щедрі пожертви».

   У 1896 році, за понтифікату папи Льва XIII (1878–1903) під керівництвом Етторе Бонолі було додано чотири ніші, у які планувалося помістити статуї чотирьох великих учителів Східної Церкви: Івана Золотоустого, Василія Великого, Григорія Богослова та Атанасія Великого. На фасаді сакральної споруди зображено герб цього папи й емблему Чину святого Василія Великого, генеральна курія якого від 1932 року разом із осідком прокуратора Київської Церкви перебувала при храмі Святих мучеників Сергія і Вакха.